Atkūrus nepriklausomybę, siekiant suderinti Lietuvos švietimo sistemą su daugumos Europos valstybių sistemomis bei tarptautiniu švietimo klasifikatoriumi (ISCED), 1991 m. buvusių technikumų bazėje buvo įsteigtos naujosios aukštesniosios mokyklos. Studijos aukštesniosiose mokyklose lyginant su technikumais turėjo esminius skirtumus. Priimami studijuoti tik turintys vidurinį išsilavinimą, studijų trukmė 3 – 4 metai. Sukuriamos naujos programos. Dėstomi tokie dalykai kaip filosofija, specialybės užsienio kalba, vadyba. Didėja seminarų, kursinių darbų skaičius. Išrenkami nauji mokyklų vadovai, vykdomos dėstytojų atestacijos. Atlikus šią reformą, matėsi, kad Lietuvos aukštesniosios mokyklos pagal savo programas ir tikslus atitinka dar jauną Europoje, bet stiprėjantį tada vadinamą „neuniversitetinį“ aukštąjį mokslą. Europoje vyko aukštojo mokslo diversifikacija. Kūrėsi į praktinių žinių tobulinimą orientuotos aukštosios mokyklos. Jų steigimą stipriai rėmė pramonė ir verslas. Didelę pagalbą Lietuvos aukštesniosioms mokykloms tada suteikė Danijos, Kanados koledžų asociacijos. 1995 m. Lietuvos aukštesniųjų mokyklų asociacija tampa Europos aukštųjų profesinių mokyklų asociacijos (EURASHE) nare. 1996 m. pradedamas Europos Sąjungos finansuojamas PHARE projektas, kurio tikslas buvo Lietuvos profesinio ir aukštojo mokslo reforma. Projektas truko iki 1999 m., jam vadovavo Vokietija, Nyderlandai, Suomija, Didžioji Britanija. Per šį laikotarpį aukštesniųjų mokyklų vadovai ir dėstytojai aplankė kelias dešimtis užsienio mokyklų, darbdavių asociacijų, dalyvavo seminaruose, konferencijose. Buvo parengti kokybės užtikrinimo dokumentai, naujos, paremtos kompetencijomis studijų programos. Atliktas bandomasis išorinis studijų kokybės vertinimas dešimtyje aukštesniųjų mokyklų, parengtas naujo mokslo ir studijų įstatymo projektas. Kolegijų steigimą stipriai rėmė Lietuvos pramonės ir verslo asociacijos, Pasaulio Banko ekspertai. Europa rengėsi įžengti į naują šimtmetį reformuodama savo mokslą ir studijas. Prasidėjo Bolonijos procesas, kuris iškėlė vieningus reikalavimus visoms Bolonijos sutartį pasirašiusioms šalims, bet visų pirma reikėjo suvienodinti aukštojo mokslo sistemas Europoje, užtikrinti vienodą kokybės vertinimą. LR Seimui priėmus naują LR Mokslo ir Studijų įstatymą, 2000 m. LR Vyriausybės sprendimu, po išorinio vertinimo, dalyvaujant užsienio ekspertams, buvo įsteigtos pirmosios 4 valstybinės ir 3 nevalstybinės kolegijos. Buvo pradėtas kolegijų tinklo formavimas, kuris ilgalaikėje perspektyvoje kartu su universitetų tinklu sudaro binarinę Lietuvos aukštojo mokslo sistemą.
Lietuvos kolegijų direktorių konferencija buvo įkurta 2002 m. birželio 5 d. Steigiamąjame susirinkime dalyvavo ir nutarimą įsteigti Lietuvos kolegijų direktorių konferenciją pasirašė:
- Vilniaus kolegijos direktorius dr. Gintautas Bražiūnas
- Vilniaus kooperacijos kolegijos direktorius Jonas Jakubauskas
- Kolpingo kolegijos direktorė Leticija Juraškienė
- Alytaus kolegijos direktorius Vytautas Lubauskas
- Kauno kolegijos direktorius Mindaugas Misiūnas
- Lietuvos jūreivystės kolegijos direktorius dr. Viktoras Senčila
- Klaipėdos socialinių mokslų kolegijos direktorė Nijolė Skučienė
- Utenos kolegijos direktorė Vida Stasiulionienė
- Klaipėdos kolegijos direktorė Antanina Šereivienė
- Kauno verslo kolegijos direktorė Eugenija Vagnerienė
- Marijampolės kolegijos direktorius Sigitas Valančius
Steigiamąjame susirinkime buvo patvirtinti konferencijos įstatai, sekretoriato nuostatai, taipogi suformuoti valdymo organai. LKDK prezidentu išrinktas dr. Gintautas Bražiūnas, viceprezidente – Eugenija Vagnerienė, Prezidiumo nariais tapo Mindaugas Misiūnas, Vida Stasiulionienė, Sigitas Valančius, LKDK revizoriumi – Vytautas Lubauskas. Konferencija vieningai nutarė įstoti į EURASHE (European Association of Institutions in Higher Education) bei aktyviai dalyvauti jos veikloje.
2002 m. birželio 21 d. Lietuvos kolegijų direktorių konferenciją kaip visuomeninę organizaciją įregistravo LR Teisingumo ministras V. Markevičius savo įsakymu Nr. 109-V.